Van Swieten wurde bald in der medizinischen Welt bekannt, da er die Vorlesungen seines Lehrers Boerhaave aufzeichnete und nach dessen Tod veröffentlichte. Van Swieten promovierte 1725 zum Doktor der Medizin und erwarb 1736 die Lehrberechtigung.
Im Juni 1745 wurde er von Kaiserin Maria Theresia als Leibarzt nach Wien berufen, wo er zugleich zum Direktor der Hofbibliothek bestellt wurde. Die Zustände, die Van Swieten in Wien auf dem medizinischen Sektor vorfand, waren schlicht katastrophal, und er begann damit, auf diesem Gebiet gravierende Verbesserungen durchzuführen. Auch wurde er Inspektor der medizinischen Fakultät 1749 bis 1753 für den Universitätsbetrieb. Hier hinein fiel am 25. Juni 1752 die Übernahme der Universität in die Staatsverwaltung.
Van Swieten förderte mit seiner ganzen Kraft die Medizin und die Summe seiner Aktivitäten machte ihn zum Gründer der Älteren Medizinischen Schule .
Österreichs Gesundheitssystem
Van Swieten wendetet sich mit Unterstützung von Graf Wenzel Kaunitz an bedeutende Fachleuchte wie Anton Freiherr von Störck und Anton de Haen. Unter Haen begann man mit dem klinischen Sezieren, wobei jeder Kliniker sein eigener Prosektor war. Die Verbesserung der sanitären Verhältnisse und der Pflege von Patientinnen und Patienten in den zum Teil verwahrlosten Spitälern, die er zusammen mit Joseph Freiherr von Quarin durchführte, machte ihn zum Schöpfer der öffentlichen Gesundheitspflege in Österreich. Er erhob auch genaue Anamnesen und Befunde, die für seine Schule kennzeichnend wurden und führte das Sublimat ein, das zur Behandlung der Syphilis verwendet wurde.
Wie in anderen Städten des 18. Jhdts. hatte es in Wien Spitäler gegeben, die neben Krätzigen und Irren auch die venerisch Kranken aufnahm. In St. Marx war ein solches wegen seiner Schmierkuren berüchtigtes Spital. Van Swieten hatte diesen Unfug abgestellt und mit seiner Methode den Kranken eine humane Behandlung gebracht. Auch erwarb er sich große Verdienste in der neuen Methode der Blatternbekämpfung, die jedoch nicht ungefährlich war, da damals echte Pocken von Mensch zu Mensch überimpft wurden.
Auf Van Swietens Betreiben hin wurde ein neues Universitätsgebäude errichtet, das er am Ende des Jahres 1755 eröffnen konnte. Hier richtete er physikalische und chemische Labors ein.
Er gilt als wichtiger Vertreter der Aufklärung und Kämpfer gegen Aberglauben. Er war so eine herausragende Persönlichkeit, dass er auch literarisch verewigt wurde, denn seine Person gilt als Vorlage für den Vampirjäger van Helsing aus Bram Stokers Roman „Dracula“.
Am 18. Juni 1762 verstarb Van Swieten in Schönbrunn. Er wurde in der Georgskapelle der Augustinerkirche beigesetzt.